Einige Nachteile des Systems sollten ebenfalls nicht verschwiegen werden: 

• Einbindung von Animations- und Multimedia-Komponenten in Dokumente noch zu aufwendig keine direkte Einbindung in TeX- oder HTML-Dokumente möglich.
• Zwar weitgehend virensicher, aber einige Fälle der Übertragung von Schnupfenviren durch "Bleistift-Austausch" sind bekannt geworden.
• Korrekturen sind nur mit einem gegen Aufpreis erhältlichen Add-on (bzw. Add- in) möglich  unter dem Codenamen "Radiergummi" derzeit im Betatest. Dieser Nachteil wird allerdings durch die vollständige Integration beider Systeme weitestgehend aufgewogen.
• Aufgrund der Verletzungsgefahr am spitzen Ende sind bereits Vermutungen geäussert worden, es könne sich beim "Bleistift" um das Abfallprodukt der miltärischen Forschung handeln, so daß sein Einsatz möglicherweise ethische Probleme aufwerfen könnte.
• Der umfassende Einsatz von "Bleistiften" in Industrie und Verwaltung könnte unzählige Arbeitsplätze in der Computerindustrie gefährden, wenn der Strukturwandel nicht rechtzeitig vollzogen wird. Eine Enquète-Komission des Bundestags zur Technikfolgenabschätzung beschäftigt sich zur Zeit mit entsprechenden Vorlagen.
• Europaweite Normung ist derzeit noch nicht in Sicht. 

Wir sind sicher, dass sich diese „neue Technik“ bei so vielen Vorzügen weiter am Markt durchsetzen wird.